昭和32年6月25日に[モハ90501]-[モハ90000]-[モハ90003]-[モハ90500]の4両編成により西明石－高槻間で試運転を実施。
昭和32年6月26日に[クハ79]-[モハ72]-[モハ72]-[モハ72]-[モハ73]-[クハ79]-[モハ90501]-[モハ90000]-[モハ90003]-[モハ90500]の10両編成（ただしモハ90形4両は無動力回送）で三鷹電車区まで自力回送されました。鉄道ピクトリアル No.73の53ページに写真付きでこの時の様子がレポートされています。
昭和32年12月16日から中央線快速で営業運転に入りましたが、この時は落成時と編成が変わっており、東京方から[モハ90501]-[モハ90000]-[モハ90001]-[モハ90002]-[モハ90003]-[モハ90004]-[モハ90005]-[モハ90502]の8両編成となっていました。
10両編成での運転となったのは昭和33年 1月16日からで、東京方から[モハ90503]-[モハ90500]-[モハ90501]-[モハ90000]-[モハ90001]-[モハ90002]-[モハ90003]-[モハ90004]-[モハ90005]-[モハ90502]の10両編成でした。